1. Да, пропустили, потому и не понимаете.
2. По-моему, Евангелие от Иоанна писал не Иуда (но и не Иоанн), а целый коллектив авторов.
3. Тут долгая история. В двух словах: не было у Иисуса "любимого ученика". Был один "ученик, которого любил Иисус".

Началось с того, что я задал себе вопрос: а что, остальных Он не любил? "Не верю!" (с) Если и выделял кого (как правило, Петра и братьев Зеведеевых), то потому, что они были наиболее продвинутыми и могли либо воспринять то, что другим недоступно (Преображение), либо (поначалу) Ему требовалась их помощь (воскрешение дочери Иаира).

И я предположил, что одного из учеников он любил не так, как других. Трактовку этой "особой" любви как эроса я отметаю. Какая же еще любовь может быть "особой"? Да та, которой любят слабых, беззащитных... блаженных - в смысле, умственно неполноценных! От этой "печки" я и начал "плясать".

И (я и сам не ожидал) в канонических евангелиях набралось немало намеков на то, что таким  дурачком, "городским сумасшедшим", был Иуда. О том, что такая версия уже выдвигалась, я узнал уже поздней. А когда посмотрел, что там до меня на эту тему писали, убедился, что те авторы особо не утруждались поисками подтверждения этой гипотезы, а (за редким исключением) ограничивались декларациями. Была у меня мысль написать эссе на эту тему, но к тому времени исторический аспект новозаветных текстов стал мне совершенно не интересен - насилу "Федота" закончил (и то, больше из принципа).

Но даже если это был и не Иуда, ясно одно: автор(ы) Четвертого евангелия умышленно не называет(-ют) имени ученика, которого любил Иисус, как и имени другого ученика. Кого он(и) имел(и) в виду, одно это лицо или разные - можно только гадать, а я этим заниматься больше не хочу.

Вот, вкратце, так. Если у Вас есть ко мне вопросы (а Вы, наверняка, многое пропустили - в частности, с surgeon'ом мы, хоть и не виделись ни разу, но виртуально знакомы года четыре, если не больше), буду рад ответить (если смогу, конечно).